Secondo lo Statuto sono organi di ALMALAUREA:

• l’Assemblea, costituita dai Rettori delle università aderenti nonché da un rappresentante del Ministro dell’Istruzione, dell’Università e della Ricerca

• il Consiglio di Amministrazione, composto da 3 membri nominati dall’Assemblea, dal Presidente del Consorzio e da un Rappresentante del Ministero dell'Istruzione, dell’Università e della Ricerca

• il Comitato Scientifico-Strategico, composto da un numero minimo di nove e massimo di diciassette componenti, nominati dall’Assemblea, di cui uno indicato dall’Associazione AlmaDiploma ed uno in rappresentanza delle istituzioni che appartengono all’Alta Formazione Artistica Musicale 

• il Presidente eletto dall’Assemblea, di norma fra i Rettori delle università aderenti

• il Direttore eletto dal Consiglio di Amministrazione

• il Collegio dei revisori dei conti, composto da tre componenti nominati dall’Assemblea di cui uno scelto tra i Dirigenti del Ministero dell’Istruzione, dell’Università e della Ricerca

In caso di scioglimento del Consorzio il patrimonio informativo del medesimo è attribuito al Ministero dell'Università.